A Markdown 和 bookdown 语法速查

bookdown的语法规则详见其官方文档bookdown: Authoring Books and Technical Documents with R Markdown，这里作一简要总结，以便查询。第一次使用时，建议对照着 ‘bookdownplus’ 扩展包的模板文档来理解用法。

Markdown 基本语法

标记示例	输出
*斜体*	斜体
**粗体**	粗体
CO~2~	CO2下标
R^2^	R2上标
$E = mc^2$	\(E = mc^2\) 行内公式
	（双美元符号为行间公式）
[网站](http://xuer.pzhao.net)	超级链接
<xuer@pzhao.net>	邮件链接
	插入图片
> 引用文字	引用
`plot()`	行间代码
四个空格	整行代码
三个反引号	区块代码
# 第一章	章节标题
1. 列表...	带编号的列表
- 列表...	不带编号的列表
^[脚注]	脚注

章节划分、编号和交叉引用

标记	输出
# (PART) Part I {-}	部分
# chapter {#ID}	带编号的章节
# chapter {#ID .unnumbered}	不带编号的章节
# References {-}	参考文献
# (APPENDIX) Appendix {-}	附录
\@ref(ID)	交叉引用

插图

第一种插图法(不推荐)：用markdown基础语法。下面这条语句，将在输出的文档中以caption为标题插入images文件夹下名为img1.png的图片：

![caption](images/img1.png)

第二种插图法：用嵌入的R代码作图（推荐）：

```{r fig1, fig.cap='caption', 
out.width='80%', fig.align='center', echo=FALSE}
plot(1:10)
```

交叉引用方法是\@ref(fig:fig1)。

第三种插图法：将现成的图片文件插进来（推荐）：

```{r img1, fig.cap='caption'}
knitr::include_graphics("images/img1.png")
```

交叉引用方法是\@ref(fig:img1)。

表格

第一种表格：直接用markdown语法画表格。输入：

第一列标题  第二列标题
----------- ----------
第一行1     第一行2
第二行1     第二行2

输出：

第一列标题	第二列标题
第一行1	第一行2
第二行1	第二行2

第二种表格：用R函数展示表格（推荐）：

```{r tab1, tidy=FALSE, echo=FALSE}
knitr::kable(
  head(iris, 20), caption = 'Here is a nice table!',
  booktabs = TRUE
)
```

交叉引用方法：\@ref(tab:tab1)。

参考文献

主流学术期刊和数据库都提供.bib格式参考文献的下载。先将你下载的参考文献信息合并在一个或几个.bib文件里，然后在模板文档的index.Rmd开头部分bibliography条目里声明你自己的.bib文件名称。.bib文件里每条参考文献都有个条目名称。假定某篇文献的条目名称是foo，那么文中引用的方法就是[@foo]。

定义、定理、示例等环境

环境全称	引用简称
theorems	thm
lemma	lem
definition	def
corollary	cor
proposition	prp
example	exm
exercise	exr

```{环境全称, label='', name=""}
内容
```

定义、定理、示例等环境的交叉引用方法：\@ref(引用简称:label)，如描述某定律的格式是：

```{theorem, label='mythm1'}
物体內能的增加等于物体吸收的热量和对物体所作的功的总和。
```

交叉引用方法：\@ref(thm:mythm1)。

输出word文档

在_output.yml里添加一行：

bookdown::word_document2: default 

公式编号和引用

pdf文档里的公式编号和交叉引用，建议使用公式环境。例如，输入：

\begin{equation} 
E = mc^2
  (\#eq:mc2)
\end{equation} 

交叉引用方法：\@ref(eq:mc2)。

word文档里的公式的编号和交叉引用，可以使用行内公式，公式前用圆括号里加公式标签。例如，输入：

(@eq-mc) $E = mc^2$

交叉引用方法：@eq-mc。